Principalmente el ejido El Refugio de Ciudad Fernández sufre una severa contaminación de mantos freáticos por verter desechos de agroquímicos al subsuelo.
Varios ecologistas, representados por José Luis Flores Alcántara, preocupados por este tema manifestaron que no hay cultura entre campesinos de depositar los envases de pesticidas, fungicidas y otros potentes químicos o venenos en un área especial, más no arrojarlos a la intemperie entre las milpas porque todo eso se va al subsuelo.
Luis Flores abundó, el ejido El Refugio registra alta contaminación del subsuelo por los agroquímicos y nadie hasta el momento puede frenar esta situación.